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海關總署印發了《推動綜合保稅區高質量發展綜合改革實施方案》（簡稱《實施方案》），提出涉及海關事權的五方面23條具體改革措施。主要內容如下：
一、優化檢驗檢疫作業模式
制定出臺《綜合保稅區檢驗檢疫管理公告》，優化綜合保稅區檢驗檢疫作業模式和作業流程，推動綜合保稅區更好融入國內大循環。
二、簡化生產用設備解除監管手續
對于實施許可證管理的進口設備，如有出區使用需求，允許在進入綜合保稅區時驗核許可證件，出區進入國內處置時不再驗核，其他情形按現行規定辦理。監管年限屆滿時，自動調減賬冊，無需企業申報。
三、優化賬冊管理模式
選取綜合保稅區內信息化系統完備的倉儲物流類高級認證企業，推動將倉庫管理系統與海關聯網，系統自動采集海關監管所需的企業生產經營數據，與報關數據等自動比對印證，將海關監管順勢嵌入企業生產經營過程。
四、實施卡口分類分級管理
設置報關貨物通道和非報關貨物通道，實行分類通行。對非報關貨物分級簡化填報要素，優化重量驗核，實現快速進區。向綜合保稅區管理機構共享入區危險化學品信息，強化安全生產聯防聯控。
五、實施差異化風險防控
強化綜合保稅區以企業為單元的管理理念，優化綜合保稅區布控查驗比例，減少貨物的卡口攔截，提升監管效能和企業獲得感。
六、優化核放單驗放邏輯
優化金關二期系統核放單驗放邏輯，支持“兩步申報”貨物與普通申報類型貨物集拼入區。
七、優化“一票多車”貨物進出區流程
允許“一票多車”貨物，整報分送、單車進出區。
八、擴大高級認證企業（AEO）免除擔保范圍
進一步減輕企業經營成本，在分送集報業務領域推行高級認證企業免除擔保措施。
九、優化分類監管貨物管理
對綜合保稅區內非保稅貨物申報轉為保稅貨物的，或辦結海關手續后申請以分類監管方式繼續在區內存儲的，允許完成報關手續后，直接核增核減海關底賬，不再要求實貨進出卡口。
十、優化境外退運貨物監管
對境外退運的綜合保稅區自產的出口工業產品，降低書面調查和現場調查比例。
十一、支持保稅維修提質升級
建立定期調研機制，推動動態調整保稅維修產品目錄，支持高技術、高附加值、符合環保要求的低風險產品納入保稅維修產品目錄。允許注冊在綜合保稅區內的融資租賃企業進口的飛機、船舶、海洋工程結構物等大型設備，在境內區外按現行規定開展保稅檢測維修業務，無需實際進出境（區）。
十二、支持保稅培訓新業態發展
允許在綜合保稅區內開展航空飛行模擬器、大型醫療設備等保稅培訓業務。
十三、支持免稅保稅銜接發展
允許免稅店貨物經綜合保稅區從境外進口，按現行規定配送。
十四、支持跨關區保稅展示交易
在建立跨直屬海關聯系配合機制的條件下，允許企業跨關區開展保稅展示交易業務。
十五、支持設立生產性配套服務設施
支持綜合保稅區管委會統一規劃，按需設立食堂、充電樁、停車場等必要的生產性配套服務設施。
十六、支持綜合保稅區與口岸聯動發展
支持在毗鄰口岸的綜合保稅區，開展轉口業務；支持設立前置貨站，開展航空貨物出口前打板、進口拆板理貨等業務；支持在中歐班列等沿線的綜合保稅區根據需要引入鐵路專線。
十七、支持建設特色型綜合保稅區
鼓勵地方政府依托區域資源稟賦和特色產業，建設以研發創新、服務貿易等為特色的綜合保稅區，支持差異化、特色化發展。支持創新制度舉措在特色型綜合保稅區優先試用。
十八、調整重點商品管理措施
調整綜合保稅區內涉及實施關稅配額管理、貿易救濟措施、中止關稅減讓義務和報復性關稅等措施的重點商品管理措施。
十九、優化賬冊核銷作業
研究出臺綜合保稅區賬冊管理規程，對物流賬冊實施適時核銷管理。
二十、規范綜合保稅區企業賦碼，優化統計規則
對于綜合保稅區規劃面積內、圍網外的備案企業，進一步規范企業賦碼規則。優化綜合保稅區進出口數據的統計口徑，精準反映進出綜合保稅區的業務情況。
二十一、完善法規和規章制度體系
研究制定《綜合保稅區管理條例》和綜合保稅區中長期發展規劃。修訂完善綜合保稅區準入、規劃調整、退出、發展績效評估等配套制度。
二十二、積極推進智慧綜合保稅區建設
強化科技賦能，加強聯網監管，實現順勢監管、精準監管和高效監管；強化協調聯動，推動監管部門、第三方機構和企業的各類數據匯聚融合、開放共享。
二十三、健全運行協調保障機制
充分發揮現有海關總署牽頭的跨部委協調溝通機制（司局級）作用，共同解決綜合保稅區運行中存在的困難和問題，推動高質量發展。積極構建綜合保稅區“響應、呼應、反應”運行機制，定期收集問題訴求、研判運行態勢、研究風險隱患、提供決策輔助參考。推動建立由地方人民政府牽頭的跨部門綜合治理機制，實現資源共享、聯合防控、共管共治。
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